Подскажите, что надо сделать в этом случае. Ничего не поняла: корневой каталог диска е имеет формат файловой системы FAТ и может содержать ограниченное число элементов. Сохраните элементы во вложенной папке или отформатируйте диск, выбрав файловую систему NTFS?

Это две совершенно разные задачи!
Сохранить элементы из корня диска Е во вложенной папке:
copy e:/*.* e:/Papka/*.*
В результате этой команды файлы будут скопированы в папку E:/Papka
ren e:/*.* e:/Papka/*.*
В результате этой команды файлы будут перемещены в папку E:/Papka
Отформатировать диск в системе NTFS
format /fs:ntfs e:
В результате этой команды диск Е будет отформатирован и на нем никаких элементов не останется.