Чем гипотеза отличается от теории?

Теория не может быть гипотезой просто потому, что эти слова имеют различное лексическое значение. Гипотеза - это научное предположение, выдвигаемое для объяснения какого-либо явления и требующее экспериментальной проверки и теоретического обоснования.
Теория - совокупность положений, система взглядов. Любая теория имеет границы применимости.