При заключении трудовых договоров руководитель муниципального предприятия брал от всех вновь поступающих заявление, что в течении первых двух лет работы на предприятии они не будут претендовать на ежегодные оплачиваемые отпуска. Законно ли действие руководителя?

Нет, так как у каждого есть право на ежегодный отпуск, тем более условия отдыха Прописываются в трудовом договоре - это обязательный пункт